Pavarësia e gjyqtarëve është obligim, gjyqtarët përveç se profesional, duhet të jenë edhe të pavarur. Ky rregull vlen edhe për gjyqtarët e Dhomave të Specializuara. Në këtë funksion e thotë edhe Ligji për këto Dhoma, me dispozitat respektive të tij që e rregullojnë pavarësinë dhe angazhimin e gjyqtarëve të kësaj gjykate.

Neni 31 i Ligjit Nr. 05/L-053, për Dhomat e Specializuara dhe Zyrën e Prokurorit të Specializuar e rregullon çështjen e pavarësisë, ku paragrafi 1, thekson se: Gjyqtarët e Dhomave të specializuara janë të pavarur në kryerjen e funksioneve të tyre. Ata marrin pjesë në shqyrtimet para Dhomave të specializuara në kapacitet individual.

Kurse paragrafi 2, i po këtij neni, thekson se: Të përzgjedhur nga regjistri apo jo, gjyqtarët nuk angazhohen në asnjë veprimtari që ka mundësi të ndërhyjë në funksionet gjyqësore të tyre, apo të cenojë besimin në pavarësinë e tyre.

Kurse më i qartë se sa kaq, është paragrafi 3, i nenit 31, i cili shumë qartë e thekson se: Kur gjyqtarët caktohen sipas nenit 30 (3), ata nuk angazhohen në asnjë punësim tjetër të natyrës profesionale.

Ndërsa, neni 30, i referohet çështjes së kompetencave dhe statusit të gjyqtarëve, paragrafi 3, thekson se: Kur gjyqtari caktohet nga regjistri për të marrë pjesë në ndonjë fazë të procedurës paraprake, shqyrtimit gjyqësor, gjykatës së apelit, gjykatës supreme të ndonjë rasti, në pajtim me nenin 33, ai gjyqtar caktohet për një mandat katërvjeçar ose deri në përfundimin e fazës së procedurës në të cilën është caktuar, në rast se ajo fazë përfundon më herët.

Angazhimi i një gjyqtari, në kapacitete tjera, sipas Ligjit të cekur më sipër, aq më tepër i një gjyqtari të një gjykate të cilës i mungon skajshmërisht transparenca, përveç se i ndaluar, publikut i lë hapësirë të ngreh dhe përforcojë dyshimet rreth objektivitetit dhe pavarësisë së këtij procesi dhe kësaj gjykate.