Bekim Blakaj ka konstatuar se shumica e viktimave dhe familjeve të tyre kanë mbetur pa drejtësi dhe ka alarmuar se mosndëshkimi i përgjegjësve për të tilla krime lë pasoja edhe në nxjerrjen e së vërtetës mbi luftën, e po kështu krijon narracione të pasakta. Kjo mund të ushqejë një konflikt të ri, ka alarmuar ai.
Blakaj është drejtor ekzekutiv i Fondit për të Drejtën Humanitare – Kosovë, organizatë që ka dhënë kontributin më të madh në dokumentimin e krimeve të luftës së dy dekadave më parë.
Në një intervistë për gazetën “Koha Ditore”, ai tregon se si institucionet kompetente në Kosovë nuk kanë bërë mjaftueshëm në hetimin, dokumentimin dhe ndjekjen penale të përgjegjësve për krimet e luftës dhe krimet kundër njerëzimit të kryera në periudhën 1998-2000. Numëron edhe pasojat e kësaj mospune. Mes tyre ka përmendur edhe formimin e Gjykatës Speciale.
Ai ka shprehur kritika edhe për proceset gjyqësore të zhvilluara në Hagë dhe në Serbi, e po kështu ka treguar se çfarë duhet të bëjnë institucionet vendore për të ndjekur penalisht të gjithë ata persona ndaj të cilëve ka prova se kanë kryer krime.