Të premten e 10 shkurtit të vitit 2006, Fatmir Sejdiu mori postin e presidentit të Kosovës. Me 80 vota për, 12 kundër dhe 17 të pavlefshme, Sejdiu u zgjedh president pas tri rrathë votimesh.

Ai ishte kandidati i vetëm i propozuar nga Lidhja Demokratike e Kosovës (LDK). Kështu kryetari Sejdiu do të vazhdonte mandatin e ish-kryetarit Ibrahim Rugova deri në zgjedhjet e ardhshme parlamentare.

Në seancën solemne të Kuvendit për zgjedhjen e presidentit atëherë ishin të pranishëm 110 deputetë.

Por Sejdiu nuk mundi ta përfundonte mandatin e tij pesë vjeçar, ashtu siç është e paraparë edhe me Kushtetutë të Kosovës.

Më 27 shtator të vitit 2010, ai dha dorëheqjen e tij nga ky posti i presidentit pasi një vendim i Gjykatës Kushtetuese konstatonte se Sejdiu kishte bërë shkelje të rëndë të Kushtetutës me mbajtjen e postit të presidentit dhe atij të kryetarit të LDK-së, ndonëse me funksione të ngrira.

Sejdiu e bëri publik vendimin e tij për dorëheqje gjatë një konference për media ku tha se postin e presidentit e kishte ushtruar me përgjegjësi dhe përkushtim të plotë.

“Të dashur qytetarë të Republikës së Kosovës. Sot unë kam dhënë dorëheqje nga pozita e Presidentit të Republikës së Kosovës. Që nga 10 shkurti i vitit 2006, si President i Republikës së Kosovës dhe i të gjithë qytetarëve të saj, kam ushtruar këtë funksion me përgjegjësi, me përkushtim të plotë dhe ndërgjegje të pastër, gjithnjë duke pasur si udhërrëfyes themelor interesin e qytetarëve dhe të vendit tonë të dashur. Unë, tërë jetën time i kam respektuar institucionet që dalin nga vota e lirë e qytetarëve. Unë kam punuar për të realizuar vullnetin politik të popullit të Kosovës për liri dhe pavarësi dhe kam udhëhequr me përgjegjësi të plotë procesin e pavarësimit të vendit tonë”, kishte thënë atëherë Sejdiu.

Ai u shpreh se vendimin për dorëheqje e kishte marrë pikërisht për të respektuar Gjykatën Kushtetuese si instanca më e lartë të interpretimit të Kushtetutës së Kosovës.

Fatmir Sejdiu është lindur më 23 tetor 1951 në fshatin Pakashticë të Besianës, kurse jeton në Prishtinë. Ka të kryer Fakultetin Juridik në Universitetin e Prishtinës dhe ka fituar gradën e Doktorit të Shkencave Juridike në po këtë universitet.