Mandati iu përtëri në vitin 2002, që do të thotë se ai ishte sekretar gjeneral i OKB-se deri në dhjetor 2006. Në vitin 2001 Kofi Annan mori çmimin Nobel për paqe. Annan ka qenë sekretar i përgjithshëm gjatë luftës së Kosovës, dhe luftës në Irak. Ai e ka quajtur të paligjshëm pushtimin e Irakut.

Gjatë mandatit të dytë, Annan është akuzuar për korrupsion, pasi u bë e ditur se djali i tij Kojo Annan kishte pranuar të holla nga një kompani zvicerane, në lidhje me ndarjen e kontratave në programin për Irakun “Naftë për ushqim”.