Në funksion të ngritjes së efikasitetit dhe efektivitetit për zbatimin e dispozitave ligjore lidhur me rimbursimet, ATK ka themeluar Divizionin për Menaxhimin e Rimbursimeve. Ky divizion menaxhon komplet procesin e rimbursimeve nga një qendër e vetme në Zyrën Qendrore të ATK-së, përmes Modulit të Rimbursimit. Përmes këtij moduli, bazuar në kriteret e përcaktuara nga ATK, të gjitha kërkesat për rimbursim në mënyrë automatike nga vet sistemi, kategorizohen në tri kategori, si: A, B dhe C.

Menaxhimin e Rimbursimeve është funksionalizuar në sistemin elektronik EDI, dhe është në dispozicion për tatimpaguesit, të cilët bëjnë kërkesë për Rimbursim, si: për Tatimin mbi Vlerën e Shtuar (TVSH), Tatimin në të Ardhura Personale (TAP) dhe Tatimin në të Ardhura të Korporatave (TAK).

Përmes këtij shërbimi, tatimpaguesi mund të informohet se deri ku ka arritur të shqyrtohet nga ATK, kërkesa e tij për rimbursim e dërguar më parë. Më konkretisht, përmes shërbimit “Menaxhimi i Rimbrusimeve”, tatimpaguesi mund të informohet për:

·         Datë e kërkesës për rimbursim;

·         Vlerën e kërkuar;

·         Llojin e tatimit;

·         Statusin e shqyrtimit të kërkesës (Në pritje / Përfunduar / Refuzuar);

·         Kategorizimin e tatimpaguesit sipas rregullores së brendshme të ATK-së, A; B apo C;

·         Datën e përfundimit, dhe

·         Vlerën e aprovuar.

Për periudhën janar-tetor numri i kërkesave për rimbursim të TVSH ,TAP dhe TAK  është 1, 787 ndërsa rimbursimet të aprovuar janë 1,156,  prej tyre 1,098  lëndë janë aprovuar me aktivitet ( kategoria A dhe B) , dhe 65 lëndë janë aprovuar me kontrolle( kategoria B me kontroll dhe C). Koha mesatare e shqyrtimit të rimbursimeve të aprovuara është 20 ditë.

Gjatë kësaj periudhe janë refuzuar 557 kërkesa për rimbursim dhe prej tyre 548 janë me aktivitet ( kategoria A dhe B ), si dhe 9 janë refuzuar me kontrolle ( kategoria B me kontroll dhe C).